Le Musée de l'Acropole est situé dans le sud-est de l'Acropole, dans le quartier historique Makrigianni. Il se trouve à 300 mètres de l'Acropole et à environ 2 km de la place centrale de Syntagma. L'entrée du musée est au début de la rue piétonne Dionysius Aréopagite, l'axe central du réseau unifié des sites archéologiques de la ville. La station de métro Acropolis est situé sur le côté est du site du musée.